Secuencias genómicas de virus IPN aislados en Chile : variabilidad genética y su relación con el diagnóstico

En los últimos años, Chile se viene posicionando como un país de grandes exportaciones relacionadas a la acuicultura, actividad que se suma a las históricas producciones de cobre, madera y productos agrícolas. Este es el caso del cultivo de salmónidos, industria que en las últimas décadas ha crecido al punto tal de convertirnos en el segundo mayor exportador de salmones a nivel global, superados sólo por Noruega. El cultivo de especies es mayoritario para salmón del atlántico, y en menor cantidad, trucha arcoíris, salmón coho y salmón chinook. Éstos pueden ser afectados por diversas enfermedades, como la Necrosis Pancreática Infecciosa, la cual es provocada por un virus. El virus de la Necrosis Pancreática Infecciosa (IPNV) es un virus icosaédrico desnudo, de monocapa proteica que posee dos segmentos de RNA de doble cadena. Estos dos segmentos codifican 5 proteínas que distribuyen sus funciones como polimerasa y estructurales, principalmente. Es altamente infectivo y algunos estudios indican que la mortalidad puede llegar a sobrepasar tasas de 90%, siendo los individuos juveniles en su etapa en agua dulce los principales afectados. Para diagnosticar al virus, organismos internacionales han estandarizado metodologías relacionadas a la amplificación del virus en líneas celulares y la aplicación de pruebas serológicas. Además es ampliamente utilizado el qRT-PCR, técnica que permite identificar la presencia del virus rápidamente. Esta última técnica puede presentar dificultades relacionadas con la complementariedad entre las secuencias blanco y los partidores, debido a la alta variabilidad del virus. Esto es común para todos los virus y especialmente para aquellos que presentan su material genético en forma de RNA. Para sortear estas dificultades sus secuencias han sido estudiadas con el fin de encontrar sitios conservados, sobre los cuales diseñar partidores para su uso en PCR. En el presente estudio se secuenciaron ambos segmentos virales completos de doce muestras provenientes de pisciculturas del sur de Chile. Las secuencias fueron utilizadas para determinar la filogenia de los virus tanto por el segmento A como por el segmento B, comprobándose que en nuestro país aun se presentan sólo los genogrupos 1 y 5, correspondientes a procedencias de Norteamérica y Europa, respectivamente. También se observa que, hasta el momento, no se presentan reordenantes en nuestras aguas. Otro análisis que se realizó a las muestras guarda relación con encontrar aquellas variantes que dificultan la detección del virus mediante la técnica de PCR. Para esto se compararon las secuencias utilizadas como partidores, propuestos por diversos autores, con las secuencias blanco de los virus analizados en este estudio. Se encontró que, en términos generales, los partidores utilizados están diseñados sobre zonas conservadas para un genogrupo y las diferencias con el otro genogrupo se presentan uniformemente en todas las secuencias trabajadas, es decir, la misma diferencia se presenta en todas las secuencias del genogrupo en cuestión. Conociendo estas diferencias es posible generar o modificar partidores que cubran de forma más amplia a todas las variantes presentes en el país y así facilitar su diagnóstico en el futuro.